Essas instituições podem disponibilizar todas as vagas pelo Sisu (Sistema de Seleção Unificada) do MEC (Ministério da Educação) ou realizar seleções próprias com base na nota do Enem. Há também universidades que substituem uma das fases do vestibular pelas notas do exame. Nesse caso, se o candidato não fizer o Enem também não poderá se inscrever na seleção da instituição.
Veja abaixo como as notas do Enem 2012 serão utilizadas nas universidades federais:
Na última edição do Sisu, foram ofertadas 108.552 vagas em 95 instituições públicas de ensino superior. Para o meio do ano, o MEC divulgou que serão ofertadas 30.548 vagas em 56 instituições públicas.
Além das universidades federais, algumas universidades estaduais também usam a nota do Enem em suas seleções.
Veja como algumas universidades estaduais irão usar as notas do Enem 2012
| UF | Instituição | Como o Enem será usado | |
| BA | Uesc (Universidade | Estadual de Santa Cruz) | Todas as vagas serão preenchidas pelas notas do Enem 2012 |
| CE | UVA (Universidade Estadual Vale do Acaraú) | Vai usar as notas do Enem 2012, mas a forma será definida no edital | |
| AM | UEA (Universidade Estadual do Amazonas) | Nota do Enem 2012 deve ser usada para compor a nota do vestibular, mas a porcentagem ainda está em discussão | |
| MT | Unemat (Universidade Estadual do Mato Grosso) | Parte das vagas será preenchida pelas notas do Enem 2012 | |
| MS | Uems (Universidade Estadual do Mato Grosso do Sul) | Todas as vagas serão preenchidas pelas notas do Enem 2012 | |
| RJ | Uenf (Universidade Estadual do Norte Fluminense) | Todas as vagas serão preenchidas pelas notas do Enem 2012 | |
| SP | Unicamp (Universidade Estadual de Campinas) | Resolução só será publicada em julho, mas a tendência é que a nota do Enem 2012 seja usada para compor 20% da nota da primeira fase - igual ao último vestibular | |
| SP | Unesp (Universidade Estadual Paulista) | A nota do Enem 2012 irá compor 10% da nota da 1ª fase do candidato que for aprovado nessa etapa - igual ao último vestibular | |
| PR | UEL (Universidade Estadual de Londrina) | Usará as notas do Enem 2012 para vagas remanescentes | |
| PR | Unicentro (Universidade Estadual do Centro Oeste) | Usará as notas do Enem 2012 para vagas remanescentes | |
| RS | Uergs (Universidade Estadual do Rio Grande do Sul) | Nota do Enem 2012 deve ser usada para compor a nota do vestibular, mas a porcentagem ainda está em discussão |
